La prima pietra dell’edificio fu posta il 13 febbraio 1500, alla presenza del Marchese Ludovico II e della moglie Margherita di Foix. Nell’annesso convento si stabilirono gli agostiniani, che si sarebbero presi cura del complesso fino al 1802, quando fu venduto all’asta e destinato ad usi profani.
Nel 1878 il vescovo Alfonso Buglione di Monale acquistò l’edificio ed il terreno contiguo per riportare il culto nella chiesa. Dell’antico edificio non restava quasi più nulla e dunque il vescovo incaricò l’ingegnere Melchiorre Pulciano di ricostruire la chiesa e l’annesso campanile in stile neogotico.
Il culto riprese il 28 agosto 1882 e 10 anni dopo la chiesa divenne sede parrocchial.
In occasione dei restauri ottocenteschi venne chiuso il piazzale antistante con una cancellata, e sulla sommità della facciata venne posta la croce in ferro, tolta nel 1848 dalla guglia della Torre Civica. Nella lunetta venne sistemato il bassorilievo rappresentante “Il Battesimo di Sant’Agostino” dello scultore Savonese Antonio Brambilla (1884), mentre la lunetta originaria raffigurante la Pietà con i santi Agostino e Domenico, opera del pittore fiammingo Hans Clemer (1500-1504) è oggi conservata nel coro all’interno della chiesa.
L’interno è a tre navate divise da robusti pilastri con soffitto a volte a crociera. Per la decorazione ottocentesca furono coinvolti i pittori dell’Accademia Albertina di Torino Gabriele Ferrero ed Enrico Gamba.
E’ ancora visibile la decorazione cinquecentesca nella volta dell’abside, dove è raffigurata l’impresa di Ludovico II, risalente all’epoca del cantiere di lavoro di Hans Clemer
